1827-ci ildən 1833-cü ilədək Naxçıvanda şəhər məhkəməsi fəaliyyət göstərmiş və məhkəmə naibi (sədri) Ehsan xan olmaqla rus qərargahından verilən zabit köməkçilər, xəzinədar və iki açıq səsə malik olan kənd starşinalardan ibarət olmuşdur. Məhkəmə mülki və az əhəmiyyətli cinayət işlərini Rusiya qanunları ilə həll edirdi. Tarixi qaynaqlardan aydın olur ki, məhkəmə işlərinin baxılmasında Ordubad dairəsi Naxçıvan şəhər məhkəməsinə tabe idi və həmin vaxt Ağa Mir Fətxan Ordubadi Ordubad şəhərinin hakimi təyin edilmişdi.
23 iyul 1833-cü ildə qəbul edilmiş Əsasnaməyə dəyişikliklərlə Naxçıvanda əyalət məhkəməsi yaradılmış və əvvəlki şəhər məhkəməsindən fərqli olaraq onun tərkibi tamamilə rus məmurlarından təşkil olunmuşdur. Həmin illərdə Naxçıvan əyalət məhkəməsinin səlahiyyətləri geniş olmasa da, cinayət işlərinə baxılmışdır. Belə ki, 1834-1839-cu illərdə Naxçıvan polis idarəsinə və əyalət naibliyinə daxil olan ərizə və şikayətlərlə bağlı məhkəmədə adam öldürmə üzrə - 10, oğurluq üzrə - 26, dalaşma üzrə - 43, qaçaqmalçılıq üzrə - 53, mülki və digər əmlak işləri üzrə - 177 işə baxılmış və hökm çıxarılmışdır.
Çar I Nikolayın 10 aprel 1840-cı il tarixli "Qafqaz diyarının idarə olunması üçün təsisat" adlı inzibati-məhkəmə islahatı ölkəmizdə uzun illərdən bəri mövcud olan məhkəmə sistemini bütövlüklə rus məhkəmə sistemi ilə əvəz etmiş, bununla da rus dilində fəaliyyət göstərən qəza məhkəmələri, o cümlədən quberniya və vilayət, cinayət və mülki məhkəmə palataları yaradılmışdır. Həmin dövrdə Naxçıvanda fəaliyyət göstərən qəza məhkəməsi əsasən notarial, əmlak, mülki, torpaq, oğurluq və polis orqanları tərəfindən daxil olmuş cinayət işlərinə baxmaq səlahiyyətlərini yerinə yetirirdi.
10 aprel 1840-cı il tarixli qanun Cənubi Qafqazda, o cümlədən Azərbaycanda 1841-ci ilin əvvəllərindən tətbiq olunmağa başlanmış və qanun çərçivəsində dini məhkəmələrə də mühüm funksiyalar verilmişdir. Belə ki, müsəlmanlar şəriət qaydaları əsasında müəyyən mülki işlərini həll edə bilərdilər. Sonrakı dövrlərdə şəriət məhkəmələrinin səlahiyyətlərinin xeyli məhdudlaşdırılmasına baxmayaraq, hətta XIX əsrin sonlarında belə müsəlmanlar öz mülki mübahisələrinin həllində qazılara üz tuturdular. 1883-cü ildə Naxçıvan qəzasının qazısı Axund Hacı Molla Saleh Məhsunzadə, Şərur-Dərələyəz qəzasının qazısı Axund Hacı Molla İsmayıl Nadirzadə, Ordubad qəzasının qazısı isə Axund Mehdi Məhəmmədzadə olmuşdur.
II Aleksandr tərəfindən imzalanan 20 noyabr 1864-cü il tarixli fərmanla Zaqafqaziyada məhkəmə islahatlarına əsasən məhkəmə iclasları rus dilində aparılır, 1866-cı il tarixli məhkəmə islahatına görə isə hakim vəzifəsinə yalnız ruslar təyin olunurdular. Bu hal öz növbəsində xalqa yad olan hakimlərin müəyyən hallarda yerli adət-ənənələrə hörmətsizlik göstərməsinə, bir sıra hallarda isə qanunsuz hərəkətlərə gətirib çıxarırdı. Bu cür məkrli və qərəzli hallar çarizmin müstəmləkəçilik siyasətindən irəli gəlirdi. 1866-cı il yanvar ayının 1-dən yeni məhkəmə nizamnamələri Tiflis, Bakı, Yelizavetpol və İrəvan quberniyalarında tətbiq olunmağa başlamışdı. Bu proses İrəvan quberniyasının tərkibinə daxil olan Ordubad və Naxçıvan qəzalarında da həyata keçirilirdi.
Məhkəmə islahatlarından sonra Azərbaycanda 19 fevral 1868-ci ildə tərkibində müvafiq prokuror nəzarəti və istintaq hissəsi olan yeni məhkəmə idarələri yaradılmışdı. Bunlara Bakı quberniyasında Bakı dairə məhkəməsini, Bakı, Şamaxı, Quba, Lənkəran, Cavad və Göyçayda barışıq şöbələrini, Yelizavetpol quberniyasında dairə məhkəməsini, Yelizavetpol, Qazax, Nuxa, Şuşa və Siyəzən barışıq şöbələrini misal göstərmək olar. Bu idarələrdən biri də İrəvan quberniyasında yaradılan Naxçıvan barışıq şöbəsi idi.
Ümumiyyətlə, barışıq şöbələrinin təkcə hakimləri yox, üzvləri, katibləri, məhkəmə pristavları (məhkəmə icraçıları), bir sözlə bütün məhkəmə işçiləri demək olar ki, qeyri-azərbaycanlılardan təşkil olunurdu. 1883-cü ildə Naxçıvan qəzası üzrə barışıq hakimi Saruxanbekov, onun köməkçisi Raqovski, məhkəmə pristavı Aşot İoannesyanç, Şərur-Dərələyəz üzrə barışıq
