Azərbaycan xalqının ümummilli lideri Heydər Əliyevin 1969-cu ildə hakimiyyətə gəlişi ilə ordu quruculuğu prosesinə başlanıldı. Azərbaycanın hərb tarixində yeni mərhələnin əsası qoyuldu. 1999-cu ildə ulu öndər Heydər Əliyevin fərmanı ilə Azərbaycan Ordusunun ən çevik və yüksək döyüş qabiliyyətinə malik bölmələrindən biri yaradıldı.
Qeyd etmək lazımdır ki, Xüsusi Təyinatlı Qüvvələrin formalaşmasında Birinci Qarabağ müharibəsinin iştirakçıları olan zabit və gizirlər fəal iştirak ediblər. Ümummilli lider Heydər Əliyev tərəfindən vahid komandanlıq altında birləşdirilən Azərbaycan Ordusunun bu bölmələri Türkiyə Silahlı Qüvvələri və onun Xüsusi Təyinatlı Qüvvələri ilə sıx əməkdaşlıqla formalaşdırılıb. Dahi rəhbərin güclü, intizamlı ordunun yaradılması, azərbaycanlıların hərbi məktəblərdə təhsil alması üçün atdığı addımlar danılmazdır. Belə ki, 1971-ci ildə Heydər Əliyevin təşəbbüsü ilə C.Naxçıvanski adına hərbi təmayüllü ixtisaslaşdırılmış hərbi liseyin əsası qoyuldu. Ulu öndər Heydər Əliyev hərbi təhsil sisteminin daha da inkişaf etdirilməsi məqsədilə 1999-cu il yanvarın 20-də Hərbi Akademiyanın yaradılması haqqında fərman imzaladı. Prezidentin 20 avqust 2001-ci il tarixli Fərmanı ilə Silahlı Qüvvələr üçün kadr hazırlığının təkmilləşdirilməsi məqsədilə Müdafiə Nazirliyi sistemində fəaliyyət göstərən məktəblər Azərbaycan Hərbi Dənizçilik Məktəbi və Azərbaycan Ali Hərbi Təyyarəçilik Məktəbi adlandırıldı.
1993-cü ilin ikinci yarısında ulu öndər Heydər Əliyevin xalqın tələbi ilə hakimiyyətə qayıdışı ilə Azərbaycanın dövlətçilik tarixində, ordu quruculuğu sahəsində mühüm işlərin görülməsinə start verildi. Təsadüfi deyil ki, ulu öndər görkəmli dövlət xadimi, böyük siyasətçi, həm də peşəkar hərbçi idi. Məhz bu səbəbdən, ulu öndərin hakimiyyətə gəlişindən sonra əsası qoyulan ordu quruculuğunun peşəkarlıqla həyata keçirilməsi dövlət siyasətinin əsas istiqamətlərindən biri oldu. Heydər Əliyevin vahid komandanlığın təmin edilməsi çərçivəsində həyata keçirdiyi məqsədyönlü tədbirlər nizami ordunun tam təminatlı şəkildə formalaşmasına gətirib çıxardı. 1994-cü il mayın 12-də Ermənistan-Azərbaycan münaqişəsində ölkəmiz üçün böyük əhəmiyyət kəsb edən atəşkəs haqqında müqavilənin imzalanması məhz bu uğurun göstəricisidir. Görülən işlərin davamında isə mərkəzləşdirilmiş maddi-texniki təminat işində mühüm addımlar atıldı, fərarilik hallarının qarşısı alındı, şəxsi heyətin mənəvi-psixoloji hazırlığına, döyüş ruhunun yüksəldilməsinə diqqət artırıldı, hərbi-vətənpərvərlik tərbiyəsi gücləndirildi. Hərbi təhsil müəssisələrin sayı nüfuzlu ali hərbi təhsil ocaqları hesabına daha da genişləndi.
Ali Baş Komandan İlham Əliyev ordu quruculuğu sahəsinə göstərdiyi diqqət və qayğı xüsusi təyinatlı qüvvələrə də şamil edilir. Xüsusi vurğulamaq yerinə düşər ki, hər hərbçi Xüsusi Təyinatlı Qüvvələrin üzvü seçilə bilmir. Bunun üçün ağır hərbi təlimlər, imtahanlar, iradə nümayişi vacib şərtlərdəndir. Burada əlbəyaxa döyüş, dərin kəşfiyyat, düşmən arxasına keçmə, həyatda qalma, mühəndis, atəş, psixoloji, desant, dalğıc, tibbi, asimmetrik döyüş və sair kimi hazırlıqlar üzrə təlimlər keçirilir.
Xüsusi Təyinatlı Qüvvələrin şəxsi heyəti 2016-cı ilin Aprel döyüşlərində, eləcə də Vətən müharibəsində Azərbaycan hərb tarixinə yeni zəfərlər yazdı. Şuşa əməliyyatının keçirilməsində həlledici rol oynadı. Xüsusi Təyinatlılar döyüş tapşırıqlarını uğurla yerinə yetirdiklərinə görə dövlətimizin başçısının müvafiq sərəncamları ilə "Azərbaycanın Milli Qəhrəmanı", "Vətən Müharibəsi Qəhrəmanı" fəxri adlarına layiq görülərək, eləcə də müxtəlif orden və medallarla təltif olundular.
Azərbaycan Xüsusi Təyinatlı Qüvvələrinin formalaşmasında Türkiyə Silahlı Qüvvələrinin Xüsusi Təyinatlı Qüvvələri (Bordo Berelilər) müstəsna rol oynayır. Bundan başqa, Azərbaycan xüsusi təyinatlıları Pakistan, ABŞ və digər ölkələrin təlim mərkəzlərində keçirilən kurslarda iştirak edirlər. Görülən tədbirlərin nəticəsi kimi Azərbaycan xüsusi təyinatlıları dəfələrlə ABŞ, Türkiyə və Pakistanda keçirilən yarışlarda ilk yerlərdə olmuşlar.
Azərbaycanın 2020-ci il sentyabrın 27-də işğalçı Ermənistana qarşı başladığı əks-hücum əməliyyatı ilə təcavüzkarın 30 il ərzində işğal altında saxladığı əzəli-əbədi